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总计获得新的wget下载的方式,fastq-dump平均下载速度大概100kb/s
2019-12-19

  前日要上NCBI下载sra数据开采没有下载的链接,英特网查开采都是老的措施,NCBI页面已经改换,于是看了NCBI的help,况且记录下来新版的sra数据下载形式,要用NCBI的工具SRA Toolkit。其它咨询师兄,总计拿到新的wget下载的格局。

没有错,常规的用SRA Tookit,聪明的自己又安装了Aspera Connect。NCBI有Aspera接口,速度相当慢。
设置Aspera Connect后,prefetch优先利用ascp情势下载。
自己大约的可比生机勃勃番,fastq-dump平均下载速度大约100kb/s,ascp能达到10M/s。笔者195M的多寡刚敲完键盘就下载完了。
接下来用fastq-dump调换格式之fastq。

艺术1 NCBI告知的法子(中断不能够继续下载)

下载后直接解压到某些钦点地方

geek:trig yuwq$ prefetch SRR1544031 
geek:sra yuwq$ fastq-dump SRR1544031.sra
Read 1522640 spots for SRR1544031.sra
Written 1522640 spots for SRR1544031.sra

方法2使用wget 下载

以下是NCBI 存放SRR5483089的路径
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/
可见ftp构成:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SQX56兰德纳瓦拉/+SLAND昂Cora+登入号前肆人数字(548)+/SXC60Haval+完整登录号(5483089)
进去就可以看出FTP文件,能够向来下载也许通过复制链接用wget 下载

prefetch下载的sra格式文件目录~/ncbi/public/sra


yuwq
24/5/2017